Bonjour,
Votre "problème" a surement était résolu depuis le temps
Si non, il faudrait savoir si les fenêtres de toit sont posées en style encastré ou pas ,une des solution est la

Le plus simple est de faire des contre-profil (profil de pièce de bois qui constitue l'inverse exact du profil d'une autre pièce afin de permettre un assemblage parfait des deux pièces )